El oso pardo y el urogallo cantábrico, dos de las especies emblemáticas que habitan en la sierras de Gistreo y Coto, junto con otras como el milano real y el desmán ibérico, son algunos de los ejemplos de fauna que continúan en peligro de extinción, según el Real Decreto para el desarrollo del Listado de Especies Silvestres en Régimen de Protección Especial y del Catálogo Español de Especies Amenazadas, publicado por el Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino (MARM).
Como especies en peligro o vulnerables aparecen especies que viven o crían en la sierra como el aguilucho cenizo, el colirrojo real, varios tipos de murciélagos, el águila perdicera y el alimoche común. A éstas se suman otras de ámbito ibérico como el sisón común y algunas con poblaciones testimoniales como el lince ibérico. La ballena vasca (no es coña), el murciélago patudo, el quebrantahuesos, el escribano palustre y el sapo partero son otros animales catalogados en peligro de desaparecer y sin protección.
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